Theo mục đích của hệ thống thủy lợi này đề ra, nhiệm vụ chính của 2 “siêu cống” Cái Lớn, Cái Bé là kiểm soát nguồn nước. Tạo điều kiện sản xuất ổn định, bền vững cho các mô hình sản xuất theo hệ sinh thái (ngọt, mặn - lợ, ngọt - lợ luân phiên) của hơn 384.120 ha diện tích đất tự nhiên của các tỉnh: Kiên Giang, Hậu Giang, Cà Mau và Bạc Liêu.