Chuẩn bị nguyên liệu làm mứt thanh yên gồm trái thanh yên, đường trắng hoặc đường phèn đập nhỏ. Ngoài ra, cần các lọ nhỏ đã được khử trùng. Việc chia mứt vào các lọ nhỏ khi sử dụng sẽ tiện lợi hơn mà không bị hỏng.

Rửa thật sạch thanh yên vì lớp vỏ của loại quả này không mịn mà có chút sần, bụi bẩn dễ bám hơn. Lau khô thanh yên. Dùng dao loại bỏ các đốm đen trên da quả và bổ làm tư.

Tách hạt thanh yên để riêng. Vắt lấy nước cốt. Lột phần vỏ ngoài và cùi trắng của vỏ để riêng.

Để hạt thanh yên vào túi lọc buộc kín hoặc miếng vải xô rồi cột chặt. Tận dụng phần hạt để chắt lấy pectin có trong hạt sẽ giúp cô đặc mứt trong lúc nấu.

Phần cùi trắng cho vào nồi, đổ nước đun sôi. Để lửa vừa trong khoảng 10 phút. Đun lên như vậy vừa giúp làm mềm phần cùi và loại bỏ vị đắng.

Trong lúc chờ phần cùi trắng chín, lấy dao nạo phần cùi xốp trắng dính sát vào vỏ quả. Phần này có vị rất đắng. Sau đó thái sợi mỏng.

Khi phần cùi đã chín mềm, lấy ra để nguội và cắt nhỏ, để sang một bên.

Cho phần vỏ thanh yên thái sợi vào một chiếc nồi. Đun sôi ở lửa vừa khoảng 10 phút. Sau đó, vớt ra đổ qua rây, để ráo. Luộc lên như vậy cũng giúp vỏ thanh yên loại bớt vị đắng.

Chuẩn bị lượng đường phù hợp để nấu mứt. Tính tổng khối lượng của phần vỏ quả, cùi trắng luộc và nước cốt thanh yên. Sau đó, lấy lượng đường bằng một nửa khối lượng đã cộng.

Cho vỏ, cùi, đường, nước ép thanh yên vào một nồi lớn.

Chế nước vừa đủ ngập rồi đặt túi hạt thanh yên lên trên.

Đun sôi lăn tăn nhẹ trong khoảng 30 phút, khuấy cho đường tan hết và nổi bọt trắng.

Khi mứt bắt đầu đặc lại, múc thử một thìa và để nguội. Kiểm tra mức độ đông đặc của mứt. Khi nguội mứt sẽ càng đặc hơn. Vì vậy, không nên đun mứt đến đặc quánh. Khi đạt được mức độ đặc vừa phải, tắt bếp và loại bỏ các túi hạt.

Khi khử trùng các lọ đựng mứt còn ấm thì đổ mứt vào luôn. Lau phần vành lọ cẩn thận. Đảm bảo loại bỏ hết bọt khí trong lọ.

Đặt các lọ mứt vào giá hấp. Cho vào nồi lớn và đun sôi trong khoảng 5 phút. Đảm bảo nước ngập lọ khoảng 1cm.